La costruzione del giardino botanico dell'università di Tartu risale ai primi anni del Diciannovesimo secolo: fu fondato infatti nel 1803, nei pressi del vecchio teatro Vanemuine, per poi essere spostato solo tre anni dopo sulle rovine delle mura e delle fortificazioni della città, vicino al fiume.
Il giardino è rimasto quasi immutato in due secoli di storia. Dal 1811, sotto la direzione del professor Carl Friedrich Ledebour, la collezione del giardino si arricchì di una grande quantità di specie dall'est: le regioni inesplorate della Siberia e dell'Impero Russo.
Le piante perenni si possono vedere nel dipartimento di Tassonomia vegetale, nel giardino roccioso e nell'arboretum. Ci sono collezioni di fiori ornamnetali di qualcsiasi genere. La collezione di piante annuali varia da un anno all'altro, ma mantenendosi costante per quantità e qualità. Il dipartimento delle piante alpine si trova al centro del giardino, dove un tempo si trovava il bastione di San Giorgio, nelle mura cittadine. Il giardino delle rose si può trovare vicino alle sponde del fiume. Ci sono serre per la coltivazione di palme, piante tropicali e subtropicali, oltre che piante succulente. Il dipartimento di piante estoni, con collezioni di esemplari tipici del paese, si trova nei pressi del dipartimento di Tassonomia vegetale.
"Si tratta di un rigolglioso orto botanico, dalla tarda primavera all'estate. Di particolare interesse è la sezione dedicata alle piante provenienti dalla siberia".