Il giardino botanico di Tallinn si trova nella zona est della periferia della capitale estone, a circa 10 chilometri dalla città e poco lontano dal Pirita Sailing and Recreation centre.
L'area in cui si trova il giardino botanico è circondata da una grande pineta sabbiosa, e tagliata dal fiume Pirita. Nelle vicinanze si può trovare la torre della tv di Tallin e  il cimitero di Metsakalmistu, luogo di risposo per un gran numero di celebrità della storia estone.

La maggior parte del giardino esterno fu progettato dal paesaggista e architetto Aleksander Niine. L'area è occupata per la maggior parte da un arboretum di 17 ettari, realizzato con una disposizione sistematica delle varietà di alberi. Si tratta della collezione più ampia e completa di piante ad alto fusto di tutta l'Estonia.
Nel giardino botanico di Tallin si possono anche visitare un roseto, un giardino roccioso e le aree dedicate alle piante perenni, alle piante bulbose, decorative, felci e ovviamente una Palm House.
"Ampio e ben curato, questo orto botanico dà l'opportunità di confrontare diverse varietà di piante in un clima estremamente rigido nei mesi invernali".