Il Cortile della Cavallerizza chiamato anche prato della Mostra, fu realizzato dall'architetto Giovan Battista Bertani, che nel 1556uniformò le costruzioni che lo racchiusero al manierismo di Giulio Romano che caratterizza la preesistente palazzina detta "La Rustica" che vi si affaccia. Era il luogo dove erano mostrati i cavalli gonzagheschi pronti per la vendita, cavalli che erano considerati dai Gonzaga, insieme ai cani e ai falchi, gli animali più fedeli all'uomo. Il cortile è caratterizzato dal basamento in un bugnato rustico tipico di Giulio Romano e dal soprastante ordine costituito da semicolonne tortili.

Il Giardino dei Semplici detto anche Giardino del Padiglione conserva la disposizione delle piante originale. Sorse nel Quattrocento contemporaneamente alla Domus Nova. Nel 1603 venne risistemato per iniziativa del frate fiorentino Zenobio Bocchi, che vi pose le piante medicinali, dette "i semplici". Per l'igiene dei componenti della signoria questo giardino aveva particolare importanza. Pare, infatti, che durante l'inverno non si lavassero mai, ma profumassero i vestiti con i fiori e le rare essenza di questo giardino.
Il Giardino Pensile nel refettorio, costruzione tardo-cinquecentesca realizzata dall'architetto mantovano Pompeo Pedemonte su richiesta del duca Guglielmo Gonzaga, è posto a 12 m d'altezza. Nel Settecento, in epoca di dominio austriaco, vi fu edificato unaCaffehaus su progetto di Antonio Galli da Bibbiena.

Il Giardino Segreto, parte integrante dell' Appartamento della Grotta di Isabella d'Este in Corte Vecchia, fu concluso nel 1522dall'architetto mantovano Gian Battista Covo.